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2006年（平成18年）3月27日に東茨城郡小川町、東茨城郡美野里町、新治郡玉里村の2町1村が合併して発足した際、「小川町」「美野里町」「玉里村」の頭1文字をとって「小美玉市」と命名された。これらのうち「小川」と「玉里」は歴史ある（少なくとも町村制以前にまでさかのぼれる）地名だが、「美野里」は1956年（昭和31年）の美野里村成立に際し名付けられた比較的新しい地名である。
「小川の流れや美しい自然とともに、玉のように輝き飛躍する市」「小さな美しい宝物、あるいは小さな美しい心を持つふるさとになるように」「小さな玉が美しく磨かれていく、そんな夢の持てる市になるように」「小さな美しい玉のような町」など、さまざまな思いが込められている。小美玉は、市名決定前から、広域消防の名称として使用されていた。ちなみに住民公募では「百里市」が1位であった。