モバイルICOCAとSMART ICOCAの併用は可能です。
ただし、お持ちのSMART ICOCAを 、モバイルICOCAに移行（移し替え）することはできません。

また、併用される場合はICOCAで鉄道を利用された際に貯まる「時間帯指定ポイント」や、
「利用回数ポイント」の利用回数は、それぞれ別にカウントされますのでご注意ください。

今後、モバイルICOCAのみのご利用をご検討されるのであれば、
SMART ICOCAのチャージ残額や定期券を、
使い切ってから払いもどしされることをお勧めいたします。
（今すぐに払いもどしいただく必要はございません。）

そのほか、「モバイル ICOCA for Android」に関するご紹介のサイトがございます。
よろしければ、下記のリンクからご確認ください。

https://www.jr-odekake.net/icoca/mobileicoca/about/